Praetorius is opgericht in 1963, toen blokfluitdocent en didacticus Piet Kunst van Streekmuziekschool Leiden en omstreken een dubbelkwartet formeerde met een achttal vergevorderde blokfluitleerlingen. In de loop der tijd heeft dit dubbel¬kwartet zich uitgebreid tot een ensemble van ruim dertig blokfluitisten. Het ensemble is in 1989 formeel los komen te staan van de Leidse muziekschool en is vervolgens een zelfstandige vereniging geworden. Sinds 1996 staat het ensemble onder leiding van Piets zoon Norbert Kunst.
Voor Blokfluitensemble Praetorius Leiden vormen composities uit de twintigste eeuw, naast werken uit de Renaissance en Barok, een belangrijk onderdeel van het repertoire. Om deze werken uit te kunnen voeren worden alle typen blokfluit bespeeld, van Garklein Flötlein tot sub-contrabasblokfluit. Deze bezetting geeft de mogelijkheid om in de verschillende registers te musiceren: hoog, oftewel viervoetregister met een bezetting in sopraan-, alt- ,tenor- en basblokfluit en laag in een achtvoetregister met een bezetting van tenor-, bas-, grootbas-, contrabas- en subcontrabasblokfluit.
De afgelopen jaren presenteerde het ensemble een aantal spraakmakende muziektheaterproducties. Het eerste programma met de titel De 4 Elementen (1999) werd uitgevoerd ter gelegenheid van het vijfendertig jarig bestaan van het ensemble. In dit programma was naast bekende en onbekende, oude en nieuwe, speciaal voor het ensemble gecomponeerde muziek ook literatuur (poëzie) te beluisteren, en waren dans (moderne dansimprovisatie) en beeldende kunst (door Joop Stolk vervaardigde schilderijen) te bekijken. Het geheel werd aangevuld met een ingenieuze “geurinstallatie” die bij ieder element een karakteristieke geur in de zaal verspreidde.
Sindsdien zijn meerdere, zeer uiteenlopende producties uitgevoerd, zoals La Spagna, rondom de Missa La Spagna van Heinrich Isaac, passieconcerten met renaissancemuziek en muziektheaterstuk over het leven van Jazzmuzikant Billy Strayhorn. In het kader van het Rembrandtjaar zijn in 2006 de programma’s NACHTWACHT! en DOOP! op de planken gezet, programma’s die muzikaal aansluiten bij de tijd waarin de schilder Rembrandt van Rijn leefde.
Naast de muziektheaterproducties heeft het ensemble in 2004 het eerste International Congress on the Recorder Orchestra (ICRO) georganiseerd, dat wegens het grote succes in 2006 een vervolg kreeg.
Blokfluitensemble Praetorius werkt jaarlijks aan gemiddeld drie onderscheidende producties. Verder verkent Praetorius ook de geografische grenzen met concertreizen naar o.a. Engeland, Duitsland, de Verenigde Staten en Canada.